San Martín se entrevistó con Simón Bolívar, el gran líder de la Corriente Libertadora del Norte. Dejó en el gobierno de Lima al delegado supremo José Bernardo de Tagle y marchó a Guayaquil a la entrevista. Conversaron sobre tres temas: Los límites entre el Perú y Gran Colombia (sobretodo la posesión de Guayaquil), la ayuda militar y el sistema de gobierno más conveniente para el Perú.
En ninguno de los puntos San Martín logró lo que buscaba: Bolívar no renunció a Guayaquil, solo ofreció 1600 soldados (San Martín pedía 6000) y rechazó la idea de una monarquía en el Perú. Cuando San Martín le ofreció el liderazgo de la campaña libertadora en el Perú, Bolívar le dio a entender que solo lo aceptaría si él se retiraba del Perú.
Mientras San Martín conferenciaba en Guayaquil con Bolívar, en Perú se produce un movimiento que solicitaba la remoción del ministro Monteagudo. El ministro renuncia pero luego exigen su deportación.
El 20 de setiembre se inaugura el primer congreso constituyente del Perú. Ese día San Martín entrega su título de Protector. Pronuncia un discurso de despedida y se retira. Esa misma noche, el congreso, reunido en sesión extraordinaria le otorga el título de "Fundador de la Libertad del Perú" y le asignan la misma pensión vitalicia que a Washington.
Así terminó la vida pública del Libertador. Esa misma noche del 20 de setiembre se embarcó en el bergantín Belgrano con rumbo a Chile.
Campaña de intermedios:
Pero dos días antes de abandonar Lima, San Martín instruyó al general Alvarado sobre la estrategia a seguir en la marcha hacia los puertos intermedios: una operación en la cual confiaba mucho.
Primera campaña de intermedios:Expedición militar dirigida por el general Rudencio Alvarado, en contra de las fuerzas realistas que estaban en la sierra del Perú.Esta, fracaso porque no uno del dinamismo que la batalla necesitaba, así los oficiales realistas atacaron bajo la supervisión del virrey José de la Serna. Ellos triunfaron 2 batallas: Torata y Moquegua.
Esta campaña consistía en tres frentes:
-El ejército del Callao que debía atacar a los españoles por los puertos intermedios del sur.
-Otro ejército salido de Lima atacaría a las fuerzas realistas por la región del Centro.
-Un ejército argentino atacaría a los españoles por el Alto Perú.
Pero para la realización de este plan, San Martín necesitaba la ayuda de Simón Bolívar, pero eso no sucedió. Este fracaso militar desprestigió ostensiblemente a la Junta de Gobierno, provocando así el primer golpe de estado de la historia republicana peruana: El Motín de Balconcillo . El 26 de febrero de 1826, los generales del ejército, grupo que había adquirido gran cantidad de poder y de fueros, obligaron al Congreso a disolver la Junta de Gobierno y designar como primer presidente del Perú al coronel José de la Rivagüero.
Segunda campaña de intermedios: Desde el 28 de febrero de 1823 gobernaba en el Perú el presidente José de la Rivagüero, nombrado por el Congreso Constituyente luego de la disolución de la Suprema Junta Gubernativa del Perú. Tarea primordial del nuevo gobierno era poner fin a la guerra de la Independencia, pues los españoles dominaban todavía el centro y el sur del Perú.
Lamentablemente, Mientras que se desarrollaba esta campaña, importantes acontecimientos sucedían en el resto del Perú. Como consecuencia de la casi nula defensa militar de Lima, las tropas realistas al mando del general José de Canterac, tomaron la capital el 18 de junio de 1823, lo que desencadenó un re-acomodo social a la nueva situación que devino en una crisis política. Parte del Congreso se pasó al bando realista al igual que la élite criolla que no había tenido participación directa en la firma del acta de independencia, mientras que unas diez mil personas dejaban la ciudad temerosas a las represalias del bando realista.
